漫长的暑假，哈利·波特被困在女贞路4号，意外地遭到摄魂怪的袭击。但魔法部却以哈利违反未成年巫师禁止在校外使用魔法的规定，要审判哈利，把他开除出霍格沃茨魔法学校。逃过—劫的哈利，被护送到伦敦一个秘密的地方，在那里，他见到了自已的教父小天狼星布莱克、前任黑魔法防御术课教师卢平、疯眼汉穆迪以及他的朋友赫敏和罗恩。哈利·波特只知道邓布利多与凤凰社成员正在加紧秘密活动，以对抗日益强大的伏地魔。但是，所有的人都不愿向他透露更多的情况。
    哈利在茫然与愤怒中回到霍格沃茨，然而令他不解的是，邓布利多不愿见他，海格不知去向。更糟糕的是，哈利越来越频繁地在梦中看见一道长长的走廊，每当他快要走进长廊尽头的一扇门时，他都会头痛欲裂地从梦中惊醒，觉得自己身体里蠕动着一条大蛇……
    赫敏和罗恩都当上了级长。魔法部派来了一位专横跋扈的高级调查官乌姆里奇，她不放过任何机会来惩罚哈利，对学校各项事务横加干涉，并最终赶走了邓布利多校长，打伤了麦格教授，整个学校笼罩在一片混乱和压抑之中。为了保护自己，抵抗伏地魔，一群学生偷偷地组织起来，成立秘密的黑魔法防御小组，请哈利给大家讲授黑魔法防御术课。
　　大蛇的影子在哈利的脑海里越来越清晰，伏地魔走近了哈利。为防止伏地魔的侵入，邓布利多要求哈利学习大脑封闭术，由斯内普负责教他。
    邓布利多告诉哈利一个秘密：他和伏地魔两人是你死我活的关系。他俩中的一个必须杀死另一个。